2006年JFL順位表（リーグ終了時点）
順位 チーム名 試合数 勝点 勝数 引分 負数 得点 失点 点差
1 ＨｏｎｄａＦＣ 34 83 26 5 3 77 36 41
2

佐川急便東京

 34 75 23 6 5 84 23 61
3 佐川急便大阪 34 72 23 3 8 68 29 39
4 YKK　AP 34 67 19 10 5 68 34 34
5 ロッソ熊本 34 66 20 6 8 64 39 25
6 横河武蔵野 34 60 17 9 8 58 38 20
7 栃木SC 34 60 17 9 8 50 35 15
8 アローズ北陸 34 57 16 9 9 53 30 23
9 ソニー仙台 34 37 10 7 17 48 65 -17
10 アルテ高崎 34 37 10 7 17 36 62 -26
11 SC鳥取 34 36 7 15 12 61 62 -1
12 ジェフクラブ 34 35 11 2 21 52 68 -16
13 FC刈谷 34 32 8 8 18 46 63 -17
14 FC琉球 34 29 6 11 17 29 57 -28
15 佐川印刷 34 28 7 8 19 32 61 -29
16 流通経済大 34 28 8 4 22 48 83 -35
17 三菱水島 34 27 7 6 21 32 74 -42
18 ホンダロック 34 22 5 7 22 39 86 -47